Эндодонтические инфекции имеют полимикробную природу, причем при первичных инфекциях в микробиоте заметно преобладают облигатные анаэробы. Подавляющее большинство микроорганизмов в природе неизменно растут и функционируют как члены метаболически интегрированных сообществ, или биопленок. Эти биопленки ответственны за большинство хронических инфекций и почти все рецидивирующие инфекции у человека. Задачами лечения корневых каналов являются растворение жизнеспособных или некротических тканей пульпы, разрушение эндодонтических биопленок, нейтрализация эндотоксинов и удаление мазкового слоя. Применение концепции биопленок к эндодонтической микробиологии позволяет понять патогенный потенциал микробиоты корневого канала и сформировать новые подходы к дезинфекции корневого канала.